La flora intestinal se compone de los microorganismos que viven normalmente en el tracto digestivo de los animales, la cual incluye gran parte de la flora humana. El término "flora intestinal" es intercambiable con la microflora intestinal y de la microbiota intestinal. La microflora normal está compuesta por tipos de microorganismos que suelen estar presentes en las superficies, cavidades, tejidos u órganos del cuerpo de personas sanasEl principal microorganismo patógeno en todos los tipos de caries dental es el Streptococus mutans, el cual presenta varias propiedades importantes como son: la sintonización de polisacáridos insolubles de la sacarosa, formación ácido láctico, colonización en la superficie de los dientes y es el mas acidúico que otros estreptococos.
Otros microorganismos asociados a la caries dental son: Streptococos sanguis, Streptococcus salivarius, Streptococus mitis, Actonomiyces viscosus y lactobacillus acidofilus.
Por otro lado, en la enfermedad periodontal la lista de patógenos periodontales sospechosos es bastante extensa, pero algunas bacterias están asociadas particularmente con el desarrollo de la enfermedad periodontal progresiva tales como: p. intermedia, b. forsithus, f. nucleatum, actinobacyllus actinomycemtemcomitans y p. gingivalis.
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